La operación para rescatar a Futaba ha comenzado y los Thunder 3 cargan contra los enemigos. Sin embargo, al mismo tiempo, un gran ejército de naves extraterrestres aparece por todo el mundo, aniquilando a toda la humanidad excepto Japón. A pesar de la tragedia, el trío protagonista consigue hacerse con el control de la nave enemiga, en cuyo interior se desata una cruenta batalla.