Dividida en tres «movimientos», entre viajes de ida y de vuelta y algunos flash back, Habitaciones separadas es la historia de un viaje intimista suspendido entre recuerdos y lugares del pasado. El protagonista, Leo (un escritor consagrado que creció en un pueblo del valle del Po), recuerda y recompone los retazos de su historia de amor con Thomas, un joven músico alemán, cuyo recuerdo le ha dejado una estela de sentimientos contradictorios y dolorosos.

Al recorrer hacia atrás las etapas de su pasado, se va hilvanando una larga y atormentada reflexión sobre la vida y la muerte, sobre el amor y la madurez. Se revelan los fragmentos de una historia de amor formada en habitaciones separadas, entre continuas separaciones y acercamientos, entre encuentros «casuales» en viajes por Europa, pero dejando siempre la puerta abierta a la posibilidad de volver a refugiarse en la soledad. Un amor que también pasa por el tormento de los celos cuando Thomas conoce a una chica y empieza con ella una relación «socialmente más llevadera» y menos compleja que la de los dos hombres. Es sobre todo la historia de un amor dramáticamente truncado por la enfermedad de Thomas y su prematura muerte, que Leo no puede dejar de revivir.