Una mañana como siempre, Hiiro, el protagonista, mientras viajaba en elautobús escolar, repentinamente es atacado por una joven con los ojos rojos. Al despertar, Hiiro y otros tres compañeros se encuentran en Tokyo, la eterna capital abandonada que debería estar clausurada tras la pandemia del virusAurora, años atrás. En Tokyo se han juntado jóvenes con habilidadesespeciales, y se ha establecido una nueva ley. Hiiro y sus amigos buscan determinar el porqué de todo esto y del "código malicioso" que está en suscuerpos, antes de que lo destruya todo.